Zu den Aufgaben der Rechnungsprüfung gehört in erster Linie die Prüfung des Haushalts,- Kassen- und Rechnungwesens. Diese nimmt das Rechnungsprüfungsamt in Form einer örtlichen und überörtlichen Prüfung wahr.
Örtlich für den Kirchenvorstand den Jahresabschluss der Kirchengemeinde und für den Kirchenkreisvorstand den Jahresabschluss des Kirchenkreises.
Überörtlich im Sinne einer aufsichtlichen Prüfung für den Kirchenkreisvorstand den Jahresabschluss der Kirchengemeinde und für die Landeskirche den Jahresabschluss des Kirchenkreises.
Des Weiteren führt das Rechnungsprüfungsamt Ordnungprüfungen sowie betriebswirtschaftliche Prüfungen durch.
Bei allen Prüfungen hat auch die Rechnungsprüfung stets die eigene Wirtschaftlichkeit des Prüfens im Blick zu haben. Aus diesem Grund wird versucht, ein Großteil der Risiken bereits im Wege einer ex-ante-Prüfung, also einer begleitenden Prüfung im Vorfeld, zu entdecken und zu beheben. Die ex-post-Prüfung, also die Prüfung der Jahresrechnung (kameral) bzw. des Jahresabschlusses (doppisch), dient im Anschluss im Wesentlichen zum Feststellen der Rechtmäßigkeit, die die Basis für eine Entlastung der Gremien bzw. der rechnungsführenden Kirchen(kreis)ämter bildet.