Evangelische Kirchenspaltung und Gegenreformation
In der zweiten Hälfte des 16. Jahrhunderts begannen erbitterte Auseinandersetzungen über den Umfang der Reform und das richtige Verständnis der evangelischen Lehre. Aus den Lehrunterschieden entwickelten sich die lutherische und die reformierte Kirche; in Teilen Ostfrieslands, in der Grafschaft Bentheim und der Herrschaft Plesse (Bovenden) wurde die reformierte Konfession vorherrschend. Daraus entstand im 19. Jahrhundert die Evangelisch-Reformierte Kirche, deren Verwaltungssitz heute in Leer ist.
In kleineren Gebieten um Hildesheim, Osnabrück und im Eichsfeld konnte sich die evangelische Lehre langfristig nicht behaupten. Die dortigen katholischen Bischöfe regierten auch als Landesherren und bekämpften die Reformation erfolgreich. Bis ins 20. Jahrhundert blieb die Bevölkerung überwiegend katholisch, erst nach dem 2. Weltkrieg setzte eine Durchmischung ein.